在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在两方面：一是道教与医学的结合更为紧密，一些道士不仅精通道术，还擅长医术；二是许多道教医学的精髓被融入到中医理论和临床实践中，促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。其中，命门理论、心肾相交等思想成熟，并成为养生与临床指导思想。
明代见证了多位将道教医学理念融入医家的杰出人物，他们在本草学、药物研究以及基础理论创新上都取得了显著成就。例如，李时珍编写《本草纲目》时大量参考了晋代以来的道教医学著作，这表明其对古籍有深刻理解。而兰茂所编辑的《滇南本草》，则展示了 道教对地方性本草学影响的一个典型案例。
此外，孙一奎等人的工作也体现了一种独特的医疗观念，他们认为道家修炼之法可以应用于医疗领域，从而推动了传统医学发展。在他们看来，将内丹炼养技巧应用于治疗疾病，是一种有效的手段。这类思维方式在当时具有重要意义，为后世留下了一笔宝贵财富。
