在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在两方面：一是道教与医学的结合更加紧密，许多道士兼具医术知识；二是道教医学对中医理论和养生学产生了深远影响。其中，命门理论、心肾相交理论的成熟，以及奇经八脉理论成为指导养生学与临床医学的重要思想。
明代是一个充满创新的时代，对于本草学尤其有着重大影响。李时珍在编写《本草纲目》时，就参考了大量道教医学著作，这反映出明代人对于神仙药物的追求和尊崇。此外，兰茂所编辑的地方性本草《滇南本草》也是这一时期对本草学贡献的一个典型案例。
除了对本草学的贡献之外，道教还对明代医家的基础理论创新起到了推动作用。孙一奎就是一个典型代表，他受到了罗浮道人的指引，将自己的医书命名为《赤水玄珠》，并且融入了很多丹方和炼制法，这些都体现出了他援仙入医的心态。在他的著作中，还能看到他系统阐述命门——肾间动气论以及命门之义，与后世有关命门学说的代表人物赵献可、张介宾有着共同点。
此外，还有一些其他的人，如周慎斋、傅青主、祝登元等，他们也通过将道教哲理融入医学，为传统中医疗疗提供了一种全新的视角，使得明清时期的传统中医疗疗取得了长足的进步。总而言之，在这个期间，不仅是个人，更是整个社会对于理解大道至简展现了一种深刻的人文关怀和精神追求。