在明清时期，道教与医学的结合得到了显著发展，这一时期出现了许多医家兼具道术和医术，他们对传统医学理论进行了创新。李时珍在编撰《本草纲目》时，便参考了大量道教医学著作，其影响深远。兰茂先生则以其精湛的药剂制作技艺闻名，他的《滇南本草》是一部内容丰富、保存完整的地方性本草学专书，对后世有着重要的影响。
此外，孙一奎等医家也受到了道教思想的影响，他们将道家的修炼理念融入到医疗实践中，如孙一奎所著《赤水玄珠》，不仅阐述了命门——肾间动气论，还提出命门之义“犹如儒之太极，道之玄牝也”，对于明代传统医学理论的发展作出了积极贡献。这些医家的成就，不仅体现了当时 道教与医学之间相互渗透的情况，也促进了传统中医学理论和临床应用方面的一系列创新。