在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在三个方面：首先，道教与医学的结合更加紧密，许多道士兼具医术知识。其次，这一时期的传统医学理论得到了创新和养生学的繁荣，其中命门理论、心肾相交理论以及奇经八脉理论成为了指导养生与临床医疗的重要思想。最后，不少医家融合了道教内丹术，对中医基础理论产生了重大影响。
李时珍编著《本草纲目》期间，便参考了大量道教医学著作，该书所引用的书籍共计440家，其中包含40多种关于道家的作品。顾景星评论说：“李时珍以神仙自命，此岂偶然哉！”此外，《滇南本草》也是一个典型例子，它由兰茂编辑，并对本草学产生了深远影响。
兰茂（字延秀），云南省人，是一位擅长医药的人，他开始研习这门技艺是因为他的母亲病重。他不仅精通于医术，而且对内丹修炼、文学、戏曲、绘画等也有很高造诣，还有着丰富的著述，如《滇南本草》、《医门览要》等。
《滇南本草》是一部保存最完整的地方性本草学专书，它内容丰富且独树一帜。此外，孙一奎也是一位受道教影响深厚的医家，他认为将道家的“性命双修”理念应用于医学能够促进其发展。他的一些著作如《赤水玄珠》和《生生子医案》，在传统医学史上具有重要地位和影响力。
此外，还有一些其他融合了 道教医学思想的人物，如周慎斋确立的心肾相交论；傅青主女科治疗法；祝登元通过内丹炼养来治疗心因性疾病等，他们都为后世留下了一定的遗产。在这一时期，虽然存在着“入魔”的问题，但这些人物依然为后世留下了一笔宝贵财富，为我们现代人提供了一种思考方式，即如何从古人的智慧中汲取营养，同时又保持批判性的态度去面对各种不同的文化现象。
