在明清时期，道教医学得到了迅猛发展，这一时期的道教与医学关系更加紧密，许多道门中人不仅精通道术，还擅长医术。自明朝开始，道教医学的许多精华成分被吸收到中医理论和临床实践中，这极大地促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。此阶段最显著的标志是命门理论、心肾相交理论以及奇经八脉理论，它们成为养生学与临床医学不可或缺的指导思想。
在这段历史里，有很多卓越的人物，他们将道教医疗理念融入到自己的医疗实践之中。比如李时珍，他在编撰《本草纲目》时参考了大量古代道教医学著作，其中包括晋代以来的多部书籍。顾景星评价说：“其（指李时珍）以神仙自命，不是偶然。”此外兰茂也对本草学有着深远影响。他编写了《滇南本草》，该书集成了大量地方性药材信息，并且包含了兰茂三十多年的研究成果。
除了本草学之外，孙一奎也是一个值得提及的人物。在他的医著《赤水玄珠》和《医旨绪余》中，可以看出他受到了严重的道家影响。他认为习医者应该参考“道理”，并且他的一些治疗方法都是援引于仙丹炼制法。这一点体现在他的名著《赤水玄珠》的卷十章节上，其中记载了一系列关于炼丹法则和丹方。
此外还有其他一些融合了道教医疗思想的人士，他们对传统中国医学做出了重要贡献，比如周慎斋、傅青主、祝登元等人。他们各自都有独到的见解，如周慎斋提出的心肾相交论；傅青主对于妇科学临床研究；祝登元则直接把内丹炼养作为主要治疗手段。
总结来说，在明清时代，随着文化交流和学习深入推进，对于如何结合天地万物观念来理解人的生命状态，以及如何通过修行达到健康长寿这一目标产生了一系列新的认识。这使得当时人们对于生命力的理解更加全面，也为后世提供了一种新的视角去思考健康问题。
