在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点主要体现在两方面：一是道教与医学的结合更加紧密，许多道士精通道术并兼具医术；二是自明代起，道教医学的精华被吸收到中医理论和临床实践中，不仅促进了传统医学理论的创新，还推动了养生学的繁荣。其中，最显著的成就包括命门理论、心肾相交论体系，以及奇经八脉学说的确立。
李时珍在编写《本草纲目》时，就广泛参考了晋朝以后的大量道教医学著作，这反映出明代对本草学有着深远影响。例如，《滇南本草》由兰茂所编辑，是地方性本草学著作中的一个典范。兰茂不仅精通医药，也擅长内丹养生、文学、戏曲、绘画等多方面，并留下了丰富的作品，如《滇南本草》、《医门览要》，以及炼养著作《性天风月通玄记》和文学作品《声律发蒙》、《玄壶集》。
《滇南本草》的价值在于其内容丰富而且保存完整，被后世如吴其浚等植物学家引用。在孙一奎这类明代医家的基础上，对传统医学进行创新也显得尤为重要。他受到了罗浮道人指引，将自己的医疗书籍命名为《赤水玄珠》，并融入了一些仙丹法则。此外，他还阐述了一种命门——肾间动气论，为后来的命门学说奠定了基础。
此外，还有一些其他融合道教思想的医家，如周慎斋提出了心肾相交论，傅青主撰写妇科专书祝登元则将内丹炼养作为治疗手段。这一切都表明，在明清时代，虽然宗教与科学界限开始模糊，但仍然存在一种文化上的整合，使得当时的人们能够从不同的角度理解世界，从而推动着人类知识的一步步前进。