孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军首领，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。叔父孙泰奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师，受人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
东晋隆安二年（398），爆发王恭之乱，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人，准备起事。事未发，司马道子父子诱斩了孙泰及其六子。孙恩逃入海岛，聚众百余名立志为孙泰复仇。
隆安三年，他率众从海岛攻克上虞，再破会稽杀会稽内史、五斗米道徒王凝之，“旬日之中，众数十万”。他占领了会稽八郡自称“征东将军”，置立官职，将其徒众号为“长生人”。
后来，他被谢琰率重兵讨伐，并在隆安四至元兴初年与东晋官军多次交战，最终于元兴元年三月进攻临海失败自沉，被认为成为了“水仙”，死者百余人，其余义军继续由卢循领导，最终在义熙七年失败。
作为五斗米道信徒的组织者和指挥者之一，他不仅动摇了晋室的封建统治，而且也促使了南北朝时期对天师教的改革和南北天师教的出现。他的一生留下了一段传奇色彩，但他的真实历史已经成为古代传说的一部分。
