孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。出生于琅琊（今山东胶南县境南），家世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。其叔父孙泰，受杜子恭为师，并继承其道法，被人敬信。东晋官员如孔道、桓放、周勰等都尊敬孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰计划以讨伐王恭为名，私下聚集数千人准备起义，但在司马道子父子的诡计中被捕杀害。孙恩逃往海岛，与百余名信徒共同复仇。在民心浮动的机会下，他率众攻占上虞、破会稽，杀死会稽内史和五斗米道徒王凝之。这次行动迅速得到八郡人民的响应，“旬日之中，众数十万”。
随后，孙恩建立了自己的政权，在会稽自称“征东将军”，置立官职，并号称其部下为“长生人”。他上表要求诛杀会稽王道子和元显父子，但遭到了东晋政府的坚决抵抗。
为了镇压起义，一位名叫谢琰的大将率兵前来对付孙恩。他在隆安三年十二月击败了许允之，并继续推进至钱塘江。但是，由于给养短缺和疫病流行，加上东晋政府加强防务，最终导致起义军失败。
最终，在元兴元年三月（402年），孙恩选择自沉海中，而他的信徒则认为他已成为了“水仙”，并有多达百余人跟随他投水自尽。此事件不仅影响了当时的政治局势，也促使了一系列关于改革和宗教变革的问题在未来展开。
