孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后的一支世族。孙恩的叔父孙泰曾受吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师，继承了杜子恭的法术，被人尊敬。
在隆安二年（398年），王恭之乱爆发时，孙泰计划以讨伐王恭为名私下聚集徒众准备起事，但未能成功，他及其六子被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与数百名信徒相聚，他们决心为孙泰复仇。
当司马元显发动“乐属”政策移送民兵到京师充军役时，孙恩趁机率部从海岛攻克上虞、破会稽，并杀死会稽内史及五斗米道徒王凝之。这次胜利迅速激起八郡人民响应，“旬日之间，众数十万”，占据了会稽八郡。
自称“征东将军”，设立官职并号称长生人，上书请求诛杀会稽王和元显父子。但随着盗贼四起和内外戒严的措施，加强了对他的压力，最终在隆安三年十二月，由谢琰率领重兵进攻击败他。在后续战斗中，因给养短缺、疫病流行等因素，最终在402年三月自沉于临海失败。他死后，其信徒认为他已成“水仙”，投水而死者达百余人。
虽然如此，这场由五斗米道信仰驱动的起义不仅动摇了东晋政权，还影响到了后来的南北朝时期宗教改革，以及天师 道的兴盛。《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已经散失。
