孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他出生于琅琊（今山东胶南县境内），家族世代奉行五斗米道，且是永嘉南渡后的一支重要世族。他的叔父孙泰曾受吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师，并继承了杜子恭的法术，被人们敬信。东晋时期，有许多官员如黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等都尊崇孙泰。
在隆安二年（398年）爆发王恭之乱时，孙泰以讨伐王恭为名私下聚集千余人准备起事，但未能成行，最终被司马道子父子诱杀及其六子。孙恩逃到海岛，收集百余人，与他们一起誓死复仇。在隆安三年，他趁着民心不稳，一举攻克上虞、破会稽，并杀害会稽内史及五斗米道徒王凝之。这次行动迅速得到八郡人民的响应，形成了规模巨大的起义军。
随后，孙恩自称“征东将军”，建立了一套官职制度，将跟随者称为“长生人”。他上表请求诛杀会稽王道子和元显父子，这激怒了东晋政府，他们派谢琰率重兵讨伐。两军对峙中，一些妇女为了避免儿童成为战利品，不得已投水自尽，以此作为送别。而最终，在隆安四至五年的战争中，由于给养困难和疫病流行，加上多方抵抗，最终导致起义失败。
在元兴元年（402年）的三月份，尽管遭遇挫折，但仍有数千名信徒继续追随卢循领导反抗直至义熙七年（411年）失败。在这段时间里，孙恩所信仰的长生久视之路以及天地水三官，也引发了当时北朝时期对传统宗教改革与新兴宗教出现，如冠谦之、陆修静等人的探索与实践。而关于孙恩的作品《孙恩集》也被记载在《隋书·经籍志》中，但已经散失无存。