孙恩（？～402），东晋五斗米道的国家养的道家高人。他字灵秀，祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孙泰奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师。杜子恭死后，孙泰继传杜子恭道法，受人敬信。
东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。东晋隆安二年（398），爆发王恭之乱，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人，准备起事。事未发，司马道子父子诱斩了孙泰及其六子。孙恩逃入海岛，聚众百余名立志为孙泰复仇。
隆安三年，当会稽王世子、扬州刺史司马元显发动“乐属”政策时，民心骚动。孙恩趁机率众从海岛攻克上虞，再破会稽，并杀会稽内史、五斗米道徒王凝之。这次起义迅速蔓延，“旬日之中，众数十万”，占领了会稽八郡。
随后孔回称“征东将军”，置立官职，将部下称作“长生人”。他上表请诛会稽王和元显父子的罪行，但遭到拒绝。在此背景下，一系列起义在全国各地不断发生，而内外戒严措施也越来越严格。
最终，在隆安四年十二月谢琰率军击败了起义军头领许允之，并继续进攻其他地区。当时情形非常危急，以至于有妇女投水自尽，有信徒认为他们已经成为了神仙。此事件影响深远，不仅导致了大量的人员死亡，还推动了一系列宗教改革和天师派的兴起。而关于他的著作《孙恩集》则已失传。不过，他对中国历史产生了深远影响，为后来的社会与文化发展奠定了基础。
