孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他出生于琅琊（今山东胶南县境内），家族世代奉行五斗米道，属于永嘉南渡时期的世族。他的叔父孙泰是杜子恭的弟子，后来继承了杜子的道法，并因其深邃的知识和卓越的能力而受到尊敬。
在东晋隆安二年（398年），王恭之乱爆发时，孙泰以讨伐王恭为名秘密集结了一千多人，以复仇为目的。但就在此时，他被司马道子父子诱杀，并且他的六个儿子也同遭杀害。孙恩逃到海岛上，与一百多名信徒一起誓言为亡兄报仇。
当隆安三年（399年）会稽王世子司马元显下令免役，让民众前往京师充军役时，孙恩趁机率领部队从海岛出发，攻占了上虞并破坏了会稽地区，最终击败了会稽内史王凝之。此举迅速赢得了八郡人民的支持，他们纷纷加入起义军，使得“旬日之间”有数十万人响应。
随着势力扩大，孙恩自称“征东将军”，建立官职，并以长生久视之说吸引更多信徒。在表达对朝廷不满的情况下，上奏请求诛杀会稽王道子及其父亲，但最终未能实现。
为了镇压这次起义，一方面政府加强沿岸防御，加大对抗；另一方面派遣谢琰率重兵讨伐。经过激战，最终在隆安四至五年的时间里，大量士兵死于战场或疫病中，而忠心耿耿的人员也不断减少。直到元兴元年（402年）的三月，由于失败和流离失所，不得不选择自沉海中。而他的妹夫卢循接任领导继续战斗，但最终在411年的义熙七年失败告终。
作为一个坚定的五斗米道信仰者，孙恩相信长生久视之理，也崇拜天、地、水三官中的水仙。在他组织起义过程中，无意间推动了南北朝时期对宗教改革以及天师道出现的一系列变化。《隋书·经籍志》记载有关于他的《孙恩集》，但已佚失踪。