孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他出生于琅琊（今山东省胶南县境内），家族世代奉行五斗米道，属于永嘉南渡后的世族。孙恩的叔父孙泰是杜子恭的弟子，后来继承了杜子的道法，并受到人们尊敬。在东晋时期，他的叔父还受到黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等人的敬仰。
在隆安二年（398年），王恭发动叛乱，孙泰认为这是结束东晋朝廷的好机会，便以讨伐王恭为名秘密组织一支数千人的起义军。但就在此刻，他被司马道子父子诱杀及及其六个儿子。孙恩逃到海岛上，与一些信徒聚集起来，以复仇为目的。
随着民心不满的情况逐渐恶化，在隆安三年的一次行动中，会稽王世子司马元显下令免除奴隶身份，让他们成为“乐属”，并将这些人送往京师充当兵役。这给予了孙恩一个发起叛乱的契机。当时民众因为生活困难而对政府失去了信心，所以当他率领他的队伍从海岛上攻击上虞并成功攻克会稽时，一些地方人民响应他的号召。
很快，“旬日之间”就有几十万人加入了他的队伍，他们占据了会稽八郡。孙恩自称“征东将军”，设立官职，并号称其追随者为“长生人”。他向东晋朝廷提出要处死会稽王和元显父子的要求，但遭到了拒绝。此后，他继续领导反抗运动，直至最终在隆安四五年的某一年被迫退入海岛。
在最后一次失败之后，即元兴元年（402年）三月，他带领部队进攻临海，但结果再次失败，最终选择自沉于海中。他的死因则被传说中的信徒解释为成为了水仙，而许多追随者也跟随他投身死亡。在这个过程中，由于战事连绵不断以及疫病流行，大量的人员丧生。
尽管如此，这场起义对五斗米道产生了深远影响，不仅引发了一系列关于改革和天师教派出现的问题，也促使《隋书·经籍志》记录下了《孙恩集》的存在，但遗憾的是这本书已经散失无踪。