孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。叔父孙泰奉杜子恭为师后，受人敬信。东晋黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事孙泰。
当王恭之乱爆发时，孙泰以讨王恭为名私合徒众准备起事，但被司马道子父子诱杀。孙恩逃入海岛，与百余名信徒立志复仇。在民心骚动的机会下，他率众攻克上虞、破会稽，杀会稽内史及五斗米道徒王凝之。这激发了八郡人民响应，“旬日之中，众数十万”，占领了会稽八郡，并自称“征东将军”，置官职，将部下称为“长生人”。
然而，这场起义遭到了谢琰率领的重兵讨伐。在连续战斗中，起义军损失惨重，最终在隆安四五年间因给养困难和疫病流行而衰弱。当元兴元年三月他进攻临海失败后，便赴海自沉，被五斗米道信徒认为已成“水仙”，投水者达百余人。
此后，其妹夫卢循继承领导权继续抗争，最终在义熙七年（411）失败。此次起义不仅动摇了晋室封建统治，还促使了一系列对道教改革和南北天师道出现的历史变革。而《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已佚失。