孙恩（？～402），东晋五斗米道的著名道士和起义军领袖。他出生于琅琊（今山东胶南县境南），家族世代奉行五斗米道，受永嘉南渡后的世族影响。他的叔父孙泰是杜子恭的弟子，后来继承了杜子恭的道法，并因其教导而受到人们敬信。
在东晋隆安二年（398年）爆发王恭之乱时，孙泰以讨伐王恭为名私下聚集数千人准备起事，但未能成行，最终被司马道子父子诱杀。孙恩逃往海岛，与几百名信徒一同寻求复仇。在隆安三年，他趁民心浮动之机率众攻克上虞、破会稽，并杀死会稽内史和五斗米道徒王凝之。这次行动迅速得到了八郡人民的响应，他们群起响应，总人口达十余万。
随着势力扩大，孙恩自称“征东将军”，建立官职，并号称其追随者为“长生人”。他向朝廷请求诛杀会稽王世子的父亲和兄长，但遭到拒绝。为了镇压这股力量，东晋政府派遣谢琰率重兵对付孙恩及其支持者。
经过一系列战斗，最终在隆安四年十二月，谢琰击败了起义军头领许允之并推进至吴兴地区。而孙恩则带领男女二十余万口向东撤退，最终退入海岛。在此之后，他继续领导反抗运动直至元兴元年三月去世，被他的信徒认为已经成为了水仙。尽管如此，这场起义对五斗米道产生了深远影响，也促使了后来的冠谦之、陆修静等人的改革以及天师道体系的发展。此外，《隋书·经籍志》中有记载《孙恩集》的存在，但已佚失。