孙恩（？～402），东晋五斗米道道士与起义军领袖，字灵秀。其祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡后世族之一。孙恩的叔父孙泰（字敬远）曾师从五斗米道首领杜子恭，并继承其法术，受人尊敬。在东晋时期，他的朋友包括黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等，都对他表示了敬意。
在隆安二年（398年），王恭之乱爆发时，孙泰计划以讨伐王恭为名私下聚集数千人准备起义，但事机未成，被司马道子父子诛杀。孙恩逃到海岛，与百余名信徒一起寻求复仇。他利用民心涣散之际，在上虞攻克会稽，杀死会稽内史及五斗米道徒王凝之。随着更多郡县响应，孝始建功于会稽八郡，并自称“征东将军”，建立官职，将追随者称作“长生人”。
面对谢琰率军反击和政府加强防御措施，加上给养不足和疫病流行，最终在元兴元年三月（402年）失败自沉海中，被信徒认为已成为“水仙”。然而，其妹夫卢循继续领导残存义军，最终被捕并遭处决。这场由五斗米道信仰激发的起义不仅动摇了东晋政权，也促使了后来的冠谦之、陆修静等人物对天师教派进行改革，以及北朝时期天师教派的兴盛。
《隋书·经籍志》记载有《孙恩集》五卷，但已佚失。此外，由于他的信仰和行为，对后来的历史产生了深远影响，使得他的故事成为了研究古代宗教运动及其政治影响的一部分重要案例。