在明清时期，道教医学经历了蓬勃发展，其特点体现在与医学的密切联系上，以及许多道士兼具医术。自明朝开始，道教医学的精髓被吸收进中医理论和临床实践中，这促进了传统医学理论的创新和养生学的繁荣。此时出现的心肾相交命门理论成熟，以及奇经八脉成为养生学与临床指导思想。
明代见证了一批融合道教与医学思想的大师，他们对本草学产生了深远影响，如李时珍在编著《本草纲目》时参考了大量道教文献。兰茂所撰《滇南本草》也是这一影响的一个典型案例，他不仅精通医药，还涉猎内丹、文学、戏曲等多个领域。
《滇南本草》是一部保存最完整、内容最丰富的地方性本草学著作，它在植物名实图考中的引用显示其价值和影响。而孙一奎则是受到了道家理念影响的一位重要人物，他将“性命双修”的观点应用于医疗，并创作了重要著作《赤水玄珠》，其中包含多种炼丹方法。他还阐述命门——肾间动气论，对传统医学有着重要贡献。
此外，还有一些其他医家如周慎斋、傅青主、祝登元，也基于道教思想做出了显著贡献。随着时间推移，道教医学逐渐融入到传统中医疗疗体系之中，为后世提供了一系列宝贵资源。